El Plan Operativo Anual contiene el conjunto de actividades de carácter administrativo, operativo, logístico y científico que llevará a cabo el Instituto Antártico Ecuatoriano (INAE) durante un año calendario. El Marco de orientación del POA es la Misión, Visión y los Objetivos que persigue el INAE en el largo plazo. El Primer Plan Operativo Anual se preparó en el año 2006.

La planificación y ejecución del Plan Operativo Anual está a cargo de la Dirección Ejecutiva del INAE, mientras que la aprobación es facultad del Consejo Directivo.

La principal actividad del POA es la Expedición Científica del Ecuador a la Antártida, para su alistamiento y ejecución el Instituto busca la cooperación de las Fuerzas Armadas y en especial de la Armada del Ecuador en lo que corresponde al apoyo logístico y operativo; mientras que, en el ámbito científico de la Expedición cooperan y participan las Universidades e Institutos de Investigación públicos y privados que conforman el Comité Científico de Investigación Antártica del Ecuador, bajo un conjunto de proyectos cuyos objetivos son consecuentes con aquellos del Instituto y con los programas científicos de carácter regional e internacional.

El segundo grupo de actividades de importancia que contiene el POA corresponden a la participación en las reuniones internacionales del Sistema del Tratado Antártico y en talleres, seminarios y simposios científicos relacionados, en donde los investigadores nacionales y sus colegas extranjeros, si fuera el caso, presenten los resultados de sus trabajos de investigación que tienen relación con la protección ambiental, turismo, logística y con los cinco Programas Científicos del SCAR.

Finalmente, las actividades de carácter administrativo y de comunicación completan el Plan Operativo Anual.

Los fondos para financiar el POA provienen del Presupuesto General del Estado y su asignación se la hace mediante la ejecución que realiza el Sistema Informático del Ministerio de Finanzas ESIGEF.